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Para trabajar desde México es necesario estar registrado en el SAT como persona física o persona moral para poder expedir facturas.
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Algunos empleadores te pedirán que firmes el formato W-8BEN. El cual indica que ellos nos pagarán impuestos por lo que te están pagando por lo que tu te encargarás de hacerlo en México.
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El trabajo de software lo puedes declarar como una exportación de servicios, con lo cual estarás exento de pagar IVA y solamente pagarás el ISR.
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El pago te lo pueden hacer con una transferencia bancaria o utilizando algún servicio como Paypal.